2013 őszén – hála az utódoknak – a többi nyíregyházi közgyűjtemény mellett a Jósa András Múzeum is lehetőséget kapott Margócsy József gazdag és sokrétű hagyatékának válogatására. A hagyatékból a múzeum Képzőművészeti Gyűjteményébe, az Iparművészeti Gyűjteménybe, a Helytörténeti és Dokumentációs Gyűjteménybe, illetve a Jósa András Múzeum Szakkönyvtárába került anyag. A Margócsy könyvtár egykor több ezer kötetes volt, és több nemzedékes gyűjtés eredményeként jött létre. A teljes hagyaték virtuális egyesítését a Magyar Nemzeti Levéltár Szabolcs-Szatmár-Bereg Megyei Levéltára vállalta magára.

A múzeum könyvtárába 115, a múzeumfalu könyvtárába 25 kötet került, melyek bár fizikálisan nincsenek együtt tárolva, az online katalógusban a possessori tárgyszó által különgyűjteményként leképezhetők. A könyvanyagból gyűjtőkörünknek megfelelően válogattunk. Így került hozzánk néhány első kiadású Bessenyei, Krúdy és Móricz kötet. Számos dedikált példánnyal gyarapodott könyvtárunk. Külön értéket képviselnek a Margócsy József jegyzeteivel bőségesen ellátott kötetek. A TIT József Attila Szabadegyetemének művészettörténeti sorozata köteteinek bejegyzéseiből nyomon követhetők az 1961 őszén tartott előadássorozat eseményei. A Háger-féle Szabolcs monográfia vagy Urbán Teréz Nyíregyháza utcanevei című kiadványának széljegyzetei kutatástörténeti szempontból érdekesek.